Die private Freie Schule Winterthur wird vom gleichnamigen Schulverein geführt. Seit der Vereinsgründung 1877 vertritt der Vorstand die Freie Schule Winterthur, die seit 1873 besteht.
Der Trägerverein umfasst 150 Mitglieder, die hauptsächlich Eltern der Schüler*innen sind. Als Eltern der aktuellen Jugendlichen werden Sie automatisch Vereinsmitglied.
Die Schulverein ist politisch und konfessionell neutral und nicht gewinnorientiert.